As questões relacionadas com a gestão dos cursos de água nunca podem ser avaliadas apenas directamente sobre o ecossistema ribeirinho. De facto, grande parte dos problemas dos cursos de água, encontram-se associados à remoção do coberto vegetal e alterações do relevo efectuadas na bacia hidrográfica, muitas vezes de forma negligente. Refira-se que segundo alguns autores a consequência do excessivo assoreamento dos nossos rios e ribeiros (causa das grandes cheias), tem origem no transporte e deposição dos solos no leito dos cursos de água, provocada pela erosão após a desflorestação maciça das serras do interior, agravada na época dos Descobrimentos, quando foram abatidas milhões de árvores para a construção naval. Refira-se o exemplo do rio Mondego em Coimbra, o qual assoreou de tal modo e tão rapidamente, que as freiras do Convento de Santa-Clara-a-Velha, que ali se instalaram no início do século XIV, três séculos depois (1677), isto é, após o auge da Expansão, tiveram que o abandonar, devido ao assoreamento do rio Mondego.
Mas se o problema vem desde a idade média, com a expansão da desflorestação e da pastorícia intensiva, este aumentou consideravelmente noutra vertente nas últimas décadas do século XX.
De facto, após a expansão do pinhal fomentado durante o Estado Novo, conduziu ao aumento da superfície florestal portuguesa, no entanto o êxodo rural com a consequente ausência de gestão florestal, nomeadamente a partir dos anos 70 (século XX), veio contribuir para o aumento do risco e propagação dos incêndios os quais ao destruirem a floresta, deixam os solos sujeitos aos agentes erosivos.
Em muitas áreas, após os grandes incêndios florestais, o pinhal foi reconvertido para a instalação dos eucaliptais, com recurso a maquinaria pesada para efectuar as grandes mobilizações dos terrenos que provocaram o aumento da erosão, com o arrastamento e transporte de solos desde as cabeceiras das linhas de água para jusante até aos vales das bacias hidrográficas de grande parte do centro e norte do país.
Torna-se, portanto evidente a necessidade de promover um correcto ordenamento do território, tanto ao nível agro-florestal como urbanístico, para que possa ser efectuada uma melhor gestão das linhas de água, devendo ser considerada a bacia hidrográfica como a unidade fundamental
